一艘巨大的外星無(wú)人探測器向地球航來(lái)，它不斷地發(fā)出奇特的電波信號：功率強大的信號煮沸了海水，干擾了附近的星艦并造成了廣泛的破壞。此時(shí)，詹姆斯·柯克中將與他的船員們在完成了讓斯波克上校復活的任務(wù)后，駕駛著(zhù)從克林貢人那搶來(lái)的猛禽艦（被改名為“賞金號”）從瓦肯星返航，盡管他們已經(jīng)知道了將面臨軍事法庭的指控：他們被指控盜竊了聯(lián)邦星艦進(jìn)取號，并對她的毀壞負有責任。在此關(guān)頭，尚在恢復中的斯波克發(fā)現這艘外星探測器正嘗試與地球上的座頭鯨建立聯(lián)系；但不幸的是，早在3個(gè)世紀前座頭鯨就因過(guò)度的捕獵而滅絕了。